Établi à une dizaine de km d'Auch, le bourg de Boucagnères prend ses aises entre la route départementale 929 et la rive gauche du Gers. Il dépendait sous l'Ancien-Régime du comté d'Astarac et de l'élection du même  nom.


Son nom vient probablement du gascon «bocau» qui signifie la bouche d'un ruisseau ou d'une rivière. Il est  effectivement à noter que plusieurs ruisseaux rident les coteaux communaux et se jettent dans le Gers : la Bâche, la Vidouze, l'Esquerré, l'Anbon, le Baradas...
Faute de vestiges antiques identifiés jusqu'à ce jour, on estime que le village se serait établi au Moyen-Âge auprès du moulin, lui-même défendu par un château féodal qui tenait le point de passage sur la rivière et la vallée voisine.


Il est fait mention des premiers seigneurs connus, la famille de « Bocaiera », dès 1158 dans le cartulaire de Gimont. En 1399, la seigneurie appartient à Raymond Guillaume d'Escarabagne, mais au XVème siècle, c'est le seigneur de Savignac, Arnaud de Lambès du Mona, qui est son possesseur légitime.
La fille de ce dernier, Sybille du Mona, apporte la seigneurie de Boucagnères  en 1503 à la famille de Labarthe par son mariage avec Bertrand de Labarthe-Giscaro, fils de Bernard de Labarthe, seigneur de Pellefigue et Giscaro, lui même fils puiné de Jean II de Labarthe, comte d'Arné et de Moncorneil et de Jeanne de Béon de Giscaro.


« S'il est une famille illustre par son origine, par la possession de nombreuses terres considérables et titrées, par la pureté de son sang, par la multiplicité de ses branches, par les emplois et charges qu'elle a exercées, par l'ancienneté de sa race, enfin, c'est, sans contredit, la grande maison de labarthe, dont les descendants ont toujours soutenu avec un éclat rare dans la plupart des familles, mêmes les plus importantes. » Nobiliaire de Guienne et de Gascogne.


La seigneurie de Labarthe est comprise en majeure partie dans les Pyrénées et se composait avant la Révolution des quatre vallées d'Aure, Neste, Barousse et Magnoac. Elle s'étendait entre les frontières d'Espagne, la Navarre française et espagnole et le comté de Comminges. Les seigneurs de Labarthe descendent en ligne directe des comtes/rois d'Aragon.
Les Labarthe-Giscaro resteront pendant plusieurs générations possesseurs de Boucagnères dont la graphie variera au fil des siècles suivant les actes : Bocaiera, Boquanheira, Bocaneira, Bocanhera, Boucaignères, Boucagnère et finalement Boucagnères.


Vers 1571, Mathieu de Labarthe céda Boucagnères à « nobles Jacques, Jean, Charles et Jehan de Labarthe, dit le capitaine Giscaro, ses frères puinés comme on le voit par la vente, sous la faculté de rachat pour la somme de 4200 livres, qu'ils en firent le 10 octobre 1578, devant Guillaume de Bérat, notaire royal de la ville de Saint Plancat, à noble damoiselle Marguerite de Rochemaurel, dame du lieu Lodet, en Nébouzan. »
Ainsi donc Marguerite de Roquemaurel se portait acquéreur de la moitié de la seigneurie,et à compter de cette fin du XVIème siècle, la terre de Boucagnères ne devait plus connaître que des co-seigneurs : Outre les Labarthe-Giscaro puis les de Cazaux (Marguerite de Labarthe-Giscaro apporte en dot à Pierre de Cazaux Boucagnères en 1700), les de Barbotan, les de Péguilhan, les de Carbonneau, vinrent à posséder tour à tour ou en concomitance la moitié ou le quart de la seigneurie.

Les derniers co-seigneurs de Boucagnères furent noble Jean-François de Colomès et le marquis Anne-Marie d'Aignan d'Orbessan.
Jean-François de Colomès dit Mombrun ( nom d'une autre seigneurie) fut capitaine major au régiment de Mailly, pensionné et gratifié, il mourut à Toulouse. La seigneurie de Boucagnères venait de sa famille maternelle, les de Cazaux. Propriétaire de l'ancien château féodal, il ne vivait pas à Boucagnères mais en son château de Gensac (Montpézat - Gers). Un acte du 30 juillet 1775 relate « la reconnaissance générale par les habitans de Boucagnère en faveur du seigneur dud. lieu »
Le marquis d'Aignan d'Orbessan, quant à lui est un ancien Président à mortier au Parlement de Toulouse, charge qu'il abandonnera pour se consacrer sa vie durant à protéger les arts et les lettres et faire de son château d'Orbessan un des foyers artistiques et culturels les plus brillant du XVIIIème s.

Gramont et Montarabé sont rattachés à Boucagnères en 1824. Au NNE de la commune, sur un coteau boisé, Gramont est un ancien  et minuscule castelnau disparu probablement dès le XIIIème s, dont il ne reste rien excepté le château et une modeste chapelle. Les habitants préférèrent migrer sur la rive gauche du Gers et vinrent s'établir à Boucagnères. La seigneurie de Gramont tenue par Odon de Montaut en 1285, passa rapidement sous la coupe des barons de Lamazère. Au XVIème s, sous le règne d'Henri III, Carbon de Lamazère, seigneur de Gramont, était gouverneur du comté d'Astarac. Les Lamazère restèrent maîtres des lieux jusqu'à la seconde moitié du XVIIIème s ou M. Boubée conseiller au Présidial et sénéchal d'Auch leur acheta la seigneurie. Quant à Montarabé au SSE de la commune, il s'agissait d'un hameau de quelques maisons dont il  semble établi qu'il ne posséda jamais église ni cimetière, les habitants devaient se rendre à Boucagnères.

Au XIXème s, l'activité artisanale et commerciale du village se résumait, excepté les métiers traditionnels liés à la terre, à un meunier, un menuisier, un forgeron, deux auberges, mais aussi couturière, tailleur, tisserand. En 1824, le presbytère est construit. En 1857, la municipalité acquit une partie de maison du bas du village pour en faire l'école et la mairie. Une cabine téléphonique fit son apparition en 1929. Une nouvelle école en 1931. L'électrification du village ne sera faite qu'en 1953. Il est à noter qu'une première tentative d'électrification avait échoué dans les années 1930 du fait du refus catégorique de la municipalité de l'époque. Boucagnères perdit son café-épicerie en 1957, puis l'école en 1972.

Comme partout dans le Gers, la moitié du XIXème siècle correspondra pour Boucagnères avec son pic de population (216 habitants en 1846 contre 158 à la veille de la Révolution). On retrouve ensuite le dépeuplement classique des petites communes rurales frappées par l'exode rural (108 habitants en 1946). Ces dernières années, avec la création de deux nouveaux lotissements et la construction de plusieurs pavillons du fait de la proximité de Boucagnères avec le chef-lieu, la démographie est repartie franchement à la hausse (200 boucagnérais environ en 2015). Les nouveaux habitants jouissent d'un cadre de vie agréable dans un environnement urbain et paysager soigné – boulodrome, espaces végétalisés et massifs fleuris, salle des fêtes (2011) – ou de profiter des associations locales – boulecagnéraise, société de chasse, gym, comité des fêtes.


Intégrée à la communauté de communes de Val de Gers, idéalement placée à quelques encablures de tous les services, Boucagnères, résolument tournée vers l'avenir, demeure ce qu'elle n'a jamais cessé d'être, un petit village accueillant où il fait bon vivre.